IonTorrent

[anatol_olegych]

The specs emerged from the American Society for Human Genetics meeting recently: it can complete a run in roughly an hour, and can perform several runs per day. The so-called “314 chip” has 1.5 million wells and can pump out 10 megabases (i.e. million base-pairs) of data with every run (100,000 reads, each of 100 base pairs); each chip costs

Comments

[vigna]

неизвестно, как именно шумит/ошибается. Но это как раз не страшно. Скоро будет известно.
Считайте, что известно - ошибается он так же,как 454 - то есть дико врёт на гомополимерных участках.
Вообще, пока ion torrent выглядит как идеальный номинант на звание "ngs-разочарование года".

[anatol_olegych]

А откуда известно, если не секрет?

А так да, вяловато, конечно. Обещали они вроде бы много больше...

[vigna]

Так там тот же принцип, что и в 454, только не свет детектируется, а изменение pH. Нам совсем недавно рассказывали представители abi про новый solid и про ion torrent, сказали, что эта проблема пока не решена. Точнее, говорят, всё же лучше, чем 454 - может правильно прочитывать 5-7 одинаковых нуклеотидов, а не 3-4, но всё, что больше - те же ошибки.
(впрочем, с 15А подряд и капиллярник не справился :()

[anatol_olegych]

Ага, спасибо.

Кажется, PacBio недавно клялся, что гомополимеры иx платформа читает без проблем. Но насколько это правда, я не знаю.