Моделирование метаболизма: продолжаем работу

Jun 14, 2010 23:42

Работа над созданием базы данных метаболических и иных взаимодействий ( Read more... )

Leave a comment

Comments 16

objmihail June 14 2010, 20:48:01 UTC
А стрелочки в этом алгоритме рисовать нельзя? Из-за этого цвета радуги понадобились или они что-то другое значат?

Reply

crocodile2010 June 15 2010, 06:30:37 UTC
Да, стрелочки тут, к сожалению, нельзя. Neato рисует только ненаправленные графы.
В идеале мне нужно расположить не по цветам, а по рядам, чтобы было видно, на какой итерации зацепился очередной узел, и обратные связи будут более видны.

Reply


objmihail June 14 2010, 21:35:39 UTC
Баз не знаю, я лично в будущем возлагаю некоторые надежды на технологии автоматического извлечения знаний. Понравилась вот эта программа: http://www.ariadnegenomics.com/products/pathway-studio/
Она как раз на сколько я понял с подобными словарями работает (по другому не умеет) в качестве как бы уже готового списка узлов, а сама ищет только связи. Стоит она астрономические деньги, причем в год, ихний менеджер когда я попросил демоверсию версию разве что ко мне домой не приехал. Но так ничего и не дал :(

Reply

crocodile2010 June 15 2010, 06:41:38 UTC
Не могу пока прокомментировать, надо предварительно брошюрки почитать. Впрочем, заявленные требования 2GB RAM и 10GB диска уже впечатляют. Похоже, они задействовали какой-то стандартный пакет, потому что поиск по словарю не тянет на такой объем памяти.

Reply

objmihail June 15 2010, 08:14:50 UTC
Если что-то вдруг накопаете интересного, сообщите пожалуйста.

Не понял что имеется ввиду под поиском по словарю, там они ищут по вроде как по Пабмеду, в основном. Pathway-studio насколько я понял программа в общем-то для просмотра баз, может для них надо столько памяти, а функция извлечения вроде как не самая главная и требует отдельный модуль.

Насчет брошюрок мне больше всего понравился флеш-ролик про извлечение знаний из литературы в разделе Загрузки.

Reply

abc3210 June 29 2010, 10:34:26 UTC
Я - профан в этой тематике, но случайно подвернулись ссылки на старые и современные работы по технологиям автоматического извлечения знаний:
http://www.bobblum.com/ESSAYS/COMPUTER/RX-Project.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18789876

Возможно, окажутся полезными.

Reply


Leave a comment

Up