Восстание началось 12 января 1904 года выступлением племен гереро под предводительством Самуэля Магареро. Гереро начали восстание, убив около 120 немцев, включая женщин и детей. Восставшие осадили административный центр Германской Юго-Западной Африки город Виндхук. Однако, получив подкрепление из Германии, колонизаторы нанесли 9 апреля поражение повстанцам у горы Оньяти, а 11 августа окружили их в районе Ватерберга. В битве при Ватерберге немецкие войска разбили основные силы восставших, потери которых составили от трёх до пяти тысяч человек. Британия предложила восставшим убежище в Бечуаналенде на территории современной Ботсваны, и несколько тысяч человек начали переход через пустыню Калахари. Оставшихся заключили в концлагеря, заставив работать на немецких предпринимателей.
Многие погибли от непосильного труда и истощения. Как отмечало в 2004 году немецкое радио Deutsche Welle, «именно в Намибии немцы впервые в истории применили метод содержания заключенных мужчин, женщин и детей в концлагерях. В ходе колониальной войны племя гереро было почти полностью истреблено и составляет сегодня в Намибии лишь небольшую долю населения». Есть также сведения, что оставшиеся женщины племен были изнасилованы и принуждены к занятию проституцией. Согласно докладу ООН от 1985 года, немецкие войска уничтожили три четверти племени гереро, в результате чего его численность сократилась с 80 тысяч до 15 тысяч истощенных беженцев. Часть гереро была уничтожена в бою, остальные отступили в пустыню, где большинство их погибло от жажды и голода. В октябре фон Трот предъявил ультиматум: «Все гереро должны покинуть эту землю. Любой гереро, обнаруженный в пределах немецких владений, будь он вооружен или безоружен, с домашними животными или без, будет застрелен. Я не буду принимать больше ни детей, ни женщин. Я буду отправлять их обратно к своим соплеменникам. Я буду стрелять в них». Даже германский канцлер Бюлов возмутился и сказал императору, что это не соответствует законам ведения войны. Вильгельм невозмутимо ответил: «Законам войны в Африке это соответствует»
Те самые взятые в плен 30 тысяч негров были помещены в концентрационные лагеря. Они строили железные дороги, а с прибытием доктора Ойгена Фишера стали также служить материалом для его медицинских опытов. Он, а также доктор Теодор Моллисон упражнялись на узниках концлагеря в методах стерилизации и ампутации здоровых частей тела. Вводили неграм яды в различной концентрации, наблюдая, какая доза станет смертельной. Позднее Фишер стал канцлером Берлинского университета, где создал кафедру евгеники и вел преподавание на ней. Лучшим его учеником считался Йозеф Менгеле, печально известный позднее как врач-изувер.
Уже после разгрома гереро восстали племена нама (готтентоты). 3 октября 1904 года в южной части страны началось восстание готтентотов во главе с Хендриком Витбоем и Якобом Моренгой. Целый год Витбой умело руководил боями. После гибели Витбоя 29 октября 1905 года повстанцы, разделившись на мелкие группы, продолжали партизанскую войну вплоть до 1907 года. К концу этого же года большая часть восставших вернулась к мирной жизни, так как они были вынуждены обеспечивать пропитанием свои семьи, а оставшиеся партизанские отряды были вскоре вытеснены за границу современной Намибии - в Капскую колонию, принадлежавшую англичанам.
Гереро возле своих хижин
Коренные народности немецкой Юго-Западной Африки со своим традиционным оружием и в национальной одежде
Солдаты колониальных войск с пулеметом во время учений
Губернатор Германской Юго-Западной Африки Теодор фон Лойтвайн и лидер гереро Сэмюэлем Магареро
Хендрик Витбой и Теодор фон Лойтвайн в 1896 году
Губернатор Теодор фон Лойтвайн с Хендриком Витбоем (слева) и лидер гереро Сэмюэлем Магареро (справа)
Лейтенант Techow сообщает командованию о возможном восстания гереро и мобилизация войск в северной немецкой Юго-Западной Африки
"200 вооруженных всадников гереро были замечены в ночь на 11 январь 1904..."
Войска выступают на подавление восстания
Генерал Лотар фон Трот (спереди справа) и губернатор Теодор фон Лойтвайн (спереди слева) с сотрудниками в Виндхуке (немецкая Юго-Западная Африка), 1904
Военный лагерь, около 1904
В лагере
Лейтенант Пауль Лойтвайн в военной форме колониальных войск Юго-Западной Африки, около 1904-1905
Лагерь для пленных гереро рядом с Альте Фесте в Виндхуке, около 1904-1908
Пленные гереро
Выжившие гереро прошедшие через пустыню.
Хендрик Витбой
Хендрик Витбой (сидит на стуле) с бойцами племени Нама, около 1904-1905