Наташа, я вижу, ты стала обладательницей сокровенного знания. Расскажи, что там не так.
/* Я часто, работая с samtools, вспоминаю цитату из фильма "Seuls Two", где главный герой (француз) приносит в ремонт мастеру-китайцу сломанный телефон и идёт диалог: "- Что это за ерунда? Он сломался! Да кто вообще такую рухлядь делает?! - О... это же Самсунг! - Сам Сунг делал, вот сам Сунг пусть и чинит!"
Сам Тулс картировал, вот сам Тулс пусть и разбирается */
Да это к слову о том, что самтулз умеет из сама выписывать только риды, упавшие в определенные регионы. Делается эта умная штука не так, как написано в мануале, а волшебной командой samtools view -F 4 -L nogenesegments.bed SRR453150_sorted.bam > res.sam Где этот самый bed-файл - файл с сегментами. А в мануале не так ((
Comments 2
/*
Я часто, работая с samtools, вспоминаю цитату из фильма "Seuls Two", где главный герой (француз) приносит в ремонт мастеру-китайцу сломанный телефон и идёт диалог:
"- Что это за ерунда? Он сломался! Да кто вообще такую рухлядь делает?!
- О... это же Самсунг!
- Сам Сунг делал, вот сам Сунг пусть и чинит!"
Сам Тулс картировал, вот сам Тулс пусть и разбирается
*/
Reply
samtools view -F 4 -L nogenesegments.bed SRR453150_sorted.bam > res.sam
Где этот самый bed-файл - файл с сегментами.
А в мануале не так ((
Reply
Leave a comment