Методы учета окружения

[photon190573]

Я помню, что должна была написать, как расшифровывать выдачу спин-орбитального расчета. Но это реально тяжкий труд -- настолько эта выдача запутана. Сейчас же возникла необходимость (собс-но, она давно была, просто руки дошли) написать про различные методы учета окружения. Как-то я писала про довольно экзотический способ работы с окружением, а

Comments

[wasserstrahl]

Ну, во-первых, не одной PCM живем, этих моделей штук 5 можно назвать сходу, и под словом PCM в этом вашем гамессе скрывается минимум парочка, ну да ладно.

"На всякий случай: ONIOM -- это один из вариантов QM/MM, где между QM и MM частью есть еще прокладка в виде полуэмпирического слоя"
Строго говоря, нет. ONIOM -- это подход, при котором разные части молекулы описываются разными по сложности уровнями КМ-теории. http://www.nwchem-sw.org/index.php/Release66:ONIOM Полуэмпирика -- только частный случай (возможно, в гамессе реализован только он, но все же).

"Монте-Карло (глобальную оптимизацию)"
Кхм.

"такие системы не всегда имеют единственный глубокий минимум"
Это еще полбеды (глобальный минимум можно найти через minima hopping или simulated annealing), такие системы принципиально необходимо усреднять через молекулярную динамику или Монте-Карло (я так понял, EFP это тоже упрощают?)

[photon190573]

> Ну, во-первых, не одной PCM живем, этих моделей штук 5 можно назвать сходу, и под словом PCM в этом вашем гамессе скрывается минимум парочка, ну да ладно

[wasserstrahl]

"именно глобальная оптимизация методом Монте-Карло реализована в Гамессе"
О, а вот это уже интересно.

"Упрощали бы, если бы были QM-EFP градиенты"
А в случае Монте-Карло без градиентов не получается извратиться?

[photon190573]

Там все равно сначала случайным образом генерится стартовая конфигурация, потом слегка оптимизируется. Так что не получится. И по-любому, Гамесс обругается, увидев вместе с RUNTYP=GLOBOP любое значение COORD, кроме FRAGONLY.