Скрининг геропротекторов: первые новости

[quantumpete]

Некоторое время назад писали про идею скрининга потенциальных геропротекторов. Для этого в рамках проекта CrowdAge создана система для тестирования влияния специально отобранных веществ на продолжительность жизни в модели хронологического старения дрожжей. Перед тем как приступить к исследованию новых соединений, система опробованна на веществах,

Comments

[abc3210]

Петр, Вы вместо viability для рапамицина дважды ресвератрол показали.
Еще не понятно относительно чего (BY4741?) эта viability измерялась и почему она для нулевой дозы на 4-х днях до 1000% доходит.

[quantumpete]

BY4741 это стрейн дрожжей (стандартный выбор); рапамицин добавил, спс
увеличение количество дрожжей на 4й день происходит на любой дозе, это т.н. "касп" (делятся там где не должны) и скорее баг чем фича (сейчас работаем над ее устранением). Однако так как эффект есть при любых дозах вещества то на сильный эффект на ПЖ это не влияет.

[abc3210]

Спасибо за пояснения. С "контролем" и после 4-го дня происходили драматические вещи: сначала с 4-го по 8-й день он 100-кратно вымер, а потом с 8-го по 10-й опять 10-кратно размножился. На препаратах что-то подобное тоже есть, но менее выражено.

[quantumpete]

добро пожаловать в "реальный мир" :) (скорее :( )
это технические графики, т.е. попытка номер 1, тот факт, что имеет место рост может означать две вещи:
- либо подсчет колони-форминг юнитс получается "плюс-минус километр", т.е. на порядок, что для экспоненциального роста клеток не проблема
- размножение дрожжей не подавленно

обе причины изучаются, скоро будут графики, надеюсь, по-лучше

для исследования на ПЖ хотелось бы исключить вторую версию, а первая не так страшна, так как для анализа нужно аппроксимировать не лог-плот (как нарисовано), а лог-лог плот, там неопределенность меньше

поживем увидим, обязательно исправим

[bret]

если не сложно, напишите хоть пару слов про дизайн эксперимента - это гаплоидная популяция в жидкой среде? на какой среде? почему они в контроле не должны делиться? ну и error bars было бы хорошо ставить...

[quantumpete]

напишу отдельным постом, подождите. То, что проблемы есть, знаем и исправляем (см. предидущий ответ). Если вы "в теме", то "обозначьтесь" по почте, работы много, расскажу больше, от помощи не откажемся

[bret]

да я это не столько в качестве критики (хотя выбор модельной системы, конечно, вызовет много вопросов у любого ревьюера), сколько искренне интересуюсь. Я с дрожжами давно не работаю, так что помочь вряд ли смогу (вообще, наша лаборатория, собственно, выполняла для вас некоторые MTT-тесты 3 года назад; уж не знаю, остались ли удовлетворены результатом :])

[spiritualape]

Что-то странное. Посмотрите день 8. Такое впечатление, что ваша популяция обновляется, что ли. Вы размножение блокировали, или как?

[quantumpete]

ответил выше, если интересны детали, пишите peter.fedichev sabaka gmail.com

[kvadropril]

А ,что там насчет росиглитазона?