Ура, товарищи, ура!

[gryzchick]

Оригинал взят у imperor_id в РЕВОЛЮЦИЯ, О НЕОБХОДИМОСТИ КОТОРОЙ ТАК ДОЛГО ГОВОРИЛИ БОЛЬШЕВИКИ, СВЕРШИЛАСЬ !
Информация взята отсюда.

Опубликована научная статья, где авторы попробовали применить методику поиска (и распознания) разумного сигнала во Вселенной (исследовательская программа SETI) не к дальним и бескрайним просторам Космоса... а к нашему земному

Comments

[galicarnax]

Только убедительная просьба. Во-первых, используйте, пожалуйста, для анализа архивовскую версию статьи, так как журнальная еще не отформатирована, и бегать через весь текст к рисункам и обратно жутко неудобно. Во-вторых, желательно ознакомиться с ответами авторов на критику, которая уже была - просто, чтобы не было повторов :)

[galicarnax]

Вас не поймешь. То "код, в отличие от ДНК, остается неизменным за счет сильнейшего отрицательного отбора, то намекаете, что "отбор не играет роли" :)
В большинстве организмов код один и тот же, он не менялся потому, что изменения всегда оказывались вредными и отшелушивались отрицательным отбором. В особых редких случаях (напр., малый размер генома и/или сильный перекос в AT/GC-составе) небольшое изменение кода может зафиксироваться. Впорос - механизм фиксации адаптивен или нейтрален. В теории codon capture он нейтрален, в ambiguous intermediate адаптивен.

Что-то не нашел. Поясните свою позицию.
http://galicarnax.livejournal.com/44170.html?thread=251786#t251786

Ну Вы используете именно такие преобразования потому, что они дали Вам нужный результат. Поэтому странно требовать, чтобы еще и те же самые преобразования использовались. Хотя мне кажется, что и с этим условием паттерны найдутся.
Да пожалуйста - используйте любые преобразования, какие хотите.

[scinquisitor]

И, кстати, еще одна вещь.

Я понятия не имею откуда берутся астрономические невероятности в статье.

Я написал простой скрипт, который делает следующее.

Каждой аминокислоте (включая стопы) приписывается случайный кодон из набора в 64 кодона. Первые 21 кодон приписываются по 1 разу каждой аминокислоте, а на все остальные аминокислоты выбирается случайным образом т.е. получается вырожденный случайный генетический код с 64 кодонами, кодирующий все 21 символов.

Из миллионов сгенерированных кодов 189 удовлетворяли приведенным в статье условиям на равенство числа нуклеонов (как в fig D1) т.е. p-value у данного наблюдение примерно 0.002 (без поправок на множественные сравнения).

Позже сделаю симуляцию учитывающую, что протонирование можно учитывать/не учитывать, можно считать нуклеоны, а можно считать отдельно протоны или нейтроны. Но я почти уверен, что и от этого p-value не останется.

[galicarnax]

Из миллионов сгенерированных кодов 189 удовлетворяли приведенным в статье условиям на равенство числа нуклеонов (как в fig D1) т.е. p-value у данного наблюдение примерно 0.002 (без поправок на множественные сравнения).
Так а в чем проблема-то? Вы учли только одно возможное равенство в пептидном представлении кода как на Fig. D, а в стандартном коде их около дюжины (я в стат. тесте я учитывал только глобальные равенства, их 7 штук.)

P.S. Вы бы все-таки написали всё у себя, а то неохота мне тут в кунсткамере общаться.

[scinquisitor]

Да, я напишу чуть позже. Равенств я думаю можно найти сколько угодно т.к. параметров по которым можно искать равенства очень большое количество.

[galicarnax]

Равенств я думаю можно найти сколько угодно т.к. параметров по которым можно искать равенства очень большое количество.Равенств не может быть сколько угодно, так как код не резиновый. Если работать с одним и тем же параметром, то возможны две ситуации

[scinquisitor]

Еще раз повторю. Вот ситуация - обнаружено равенство когда рассматривается полипетид замкнутый в кольцо. А в когда он не замкнут в кольцо равенство не обнаруживается. Но могло бы быть и наоборот. И если бы было наоборот, никак сила аргумента не изменилась бы - это равенство настолько же "маловероятное". И вот таких вот равенств я могу придумать сколько хотите.

А давайте сравним полипептид из аминкислот с кодонами на A и T с полипетидом из кодонов на G и С. Не будет ли там какого-нибудь равенства? Ну и так далее. И когда мы найдем очередное равенство оно покажется нам "маловероятным", но это такая же невероятность как вероятность условно Васи выиграть в лотерею - не Вася, так Петя. Выиграет Петя - скажем, что невероятным был выигрыш Пети и т.д. и увидим в этом происки разумного :)

[galicarnax]

Говорю же - флаг в руки. Вариаций кода более десятка, и если используя любой параметр вы найдете хотя бы в одной из вариаций систему любых паттернов, но такую, из которой мэппинг кода выводится однозначно - будем считать, что наш результат опровергнут.

[scinquisitor]

Так в Вашем аппендиксе уже получена крутейшая симметрия, только вот беда, что для нее нужно аминокислоты замыкать в полипептид кольцевой и учитывать цитоплазматические условия.

Это как бы намекает, что упомянутые симметрии представляют артефакт выбора параметров, условий и паттернов.

[galicarnax]

А знаете что - давайте считать, что Вы опровергли наши результаты, Ok?

Но у меня остается вопрос. Точнее два.

1) Вы допускаете принципиальную возможность того, что код можно использовать как надежный носитель небольшого сообщения? Вроде как известно, что с одной стороны код крайне помехоустойчив, с другой - его уже умеют изменять в лабораториях.

2) Если допускаете таковую возможность, то, на минутку беспристрастно подумав о гипотезе Маркса, как Вы бы предложили ее проверить? Какого рода сигнал ожидали бы Вы?

[scinquisitor]

>1) Вы допускаете принципиальную возможность того, что код можно использовать как надежный носитель небольшого сообщения? Вроде как известно, что с одной стороны код крайне помехоустойчив, с другой - его уже умеют изменять в лабораториях

[galicarnax]

Ну? Так а то, что описываем мы в статье, так уж сильно отличается от этого? Или Вы имеете ввиду демонстрацию именно арифметических операций? Я не совсем представляю, как в коде можно закодировать такую запись. Это же не пиктограмма. В геноме - запросто :)

[scinquisitor]

Ах да. Прокомментируйте пожалуйста. Все-таки Вы считаете Asp 59 или Asp 58. На каком рисунке не правильно? На рис. 5 у Вас Asp 59. На Рис D1 у Вас Asp 59 - 1; Вы вроде писали об одинаковых правилах. На фиг 8 аргинин почему не протонирован?

И почему группы не объединены в полипетид кольцевой? Это претензия.

А вот вопрос. Может я не понял. Почему на Рис 5 у Вас именно TTT и AAA в группе слева? Я до конца не понял по какому принципу один кодон оказывается слева, а другой справа. То, что кодоны стоят один напротив другого я понимаю. А вот почему один помещается слева, а другой справа мне из текста не было понятно.

Вы пишете, что есть две альтернативы, а я вижу 2 в степени 14 альтернатив, даже если преобразования фиксированы. Но и преобразований возможных есть много разных.

[galicarnax]

Ах да. Прокомментируйте пожалуйста. Все-таки Вы считаете Asp 59 или Asp 58. На каком рисунке не правильно? На рис. 5 у Вас Asp 59. На Рис D1 у Вас Asp 59 - 1Во всей основной части статьи Asp = 59, без исключений. На рис. D1 в аппендиксе D приведен цитоплазматический баланс, в котором аминокислоты показаны именно в контексте цитоплазмы, а не в абстрактном виде, как в учебнике. Asp и Glu при цитоплазматическом pH теряют один протон, а Arg и Lys - приобретают. И точный нуклонный баланс в данном случае получается когда учитывается и объединение в пептид, и ионизация, и отсутсвие переноса в пролине. Но мы этот баланс даем как дополнительню информацию в аппендиксе. Имеет ли он отношение к сигналу, который мы описываем или нет - мы не знаем, мы только даем свою интерпретацию. Возможно, это фича имеет под собой биологическую необходимость, она даже была, в общем-то, обнаружена параллельно и независимо двумя австралийцами именно с биологической точки зрения (http://www.ncbi ( ... )

[scinquisitor]

>И точный нуклонный баланс в данном случае получается когда учитывается и объединение в пептид, и ионизация, и отсутсвие переноса в пролине

[galicarnax]

Но в основной статье получается баланс когда этот не учитывается.
В основной статье получается не один баланс, а десяток.

(и этот результат мне лично видится самым примечательным в статье).
Ясно почему - здесь прослеживается связь с возможной биологической основой. Но в остальной статье мы подходим к коду не в рамках традиционных моделей кода, потому остальное вам и не кажется примечательным ;)

На фигуре 8а у Вас аргинин имеет радикал с молекулярной массой 100.
На всех фигурах основного текста аргини имеет в боковой цепи 100 нуклонов.