Ликбез по эволюции вирусов

[shvarz]

С появлением очередного страшного варианта «омикрон» опять начались споры о том откуда берутся мутанты, кто виноват в их появлении, и о том, насколько неизбежно появление новых мутантов и связанных с ними волн заражений или болезней

Comments

[notabler]

Спасибо за большую хорошую работу. Но даже в таком, максимально разжеванном виде, боюсь, 90% не дочитают до конца. Как омикрон новый вписывается в эту теорию? В нем собралось тьма изменений по сравнению с дельтой. Или это просто случайно получилось, что у одного человека с убитым лечением ВИЧ иммунитетом произошла такая тьма мутаций и в результате человечество имеет теперь этого вируса-отличника.

[alekstmax]

Кондрашов практически с начала эпидемии пишет об опасности "хронического ковида" у людей с иммунодефицитами. Вот где самые чашки Петри-то.

[shvarz]

С "омикроном" интересно не само количество мутаций, оно там вполне нормальное, а то, что мы не видим промежуточных вариантов, т.е. выглядит так, как будто он вдруг намутировал сразу и много. Одно из возможных объяснений - что есть где-то более-менее замкнутая популяция, из которой не собирают образцы для секвинирования и этот вирус выскочил оттуда. Но общепринятой теорией стало то, что это результат хронической инфекции в человеке с поврежденным имммунитетом (например СПИД, да), т.е. эта "замкнутая популяция" - это один человек, который не мог избавиться от вируса и в котором он долгое время размножался.

[notabler]

Сейчас в воскресном шоу нашего лучшего политобозревателя Эндрью Марра выступила профессор из Ю.Африки (не запомнила фамилию) и рассказала кое-что про этот вирус, который она первая и обнаружила. В ютубе он бывает целиком, вроде. Но главное, что она сказала, что после того, как она обнаружила новый штамм, стали проверять и все абсолютно новые заболевшие имели именно его. Симптомы очень мягкие, ни одному не понадобилась госпитализация и уж тем более никто не умер. Фатик есть, потери запаха и вкуса нет. Все это бешеное количество белков настроены на преодоление иммунитета (тут я подумала, что на производство других безобразий силенок может уже быть поменьше). Все люди, бывшие в контакте с первым заболевшим, заболели тоже, 82 человека. То есть контагиозность больше явно. Но и народ подзабыл про маски и дистанции тоже, а может, он в их фавелах жил, где муравейник и нет гигиены? Рассказывала она вроде бы как со снисходительной улыбкой, вроде бы тень интонации (напугались, как дети малые). Так что у меня появился некий оптимизм - может

[tessa_vens]

Спасибо большое, очень интересно и понятно:)
А вопрос такой - про новый вирус Омикрон пишут что он и более заразный, и в то же время ускользает от иммунитета. Такое может все таки быть?
И еще вопрос если можно - в начале пандемии много писали что со временем вирус должен стать более заразным, но менее патогенным. Но мы что-то наблюдаем что та же дельта более заразная, но не менее смертельная, если не больше. Есть ли надежда, что все таки Ковид выродится в ОРВИ? Есть ли примеры такого вырождения вирусов в медицине?

[shvarz]

Да, может.

Совершенно напрасно писали. Я тогда писал, что такого ожидать не стоит и вот мы это и имеем.

Надежда была не на то, что вирус выродится в ОРВИ, а то что будут им переболевать дети без особых симптомов, а потом во взрослом возрасте они будут уже иметь иммунитет и поэтому ковид будет переноситься как обычное ОРВИ. Сейчас я думаю будут вакцинировать сразу после рождения.

[tessa_vens]

Спасибо

[polit_buro]

Омикрон это не новый вирус, а вариант старого.

---мы что-то наблюдаем что та же дельта более заразная, но не менее смертельная, если не больше
Вроде были британские данные, что она менее ядреная.

---Есть ли надежда, что все таки Ковид выродится в ОРВИ?
Ковид и так ОРВИ, просто по первому разу более тяжелое у взрослых. А повторных тяжелых заражений мало.

for a person who has already had a primary infection, the risk of having a severe reinfection is only approximately 1% of the risk of a previously uninfected person having a severe primary infection.
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2108120

[ditour]

> Т.е. для невакцинированного не должно быть никакой разницы, заразился он исходным вирусом, или мутантом избегающим иммунный ответ в вакцинированных или переболевших.

Учитывая, что мутации могут сдвигать свойства трёх описанных категорий в разных направлениях, я бы ожидал, что, когда в силу большого процента вакцинированных или переболевших способность избегать вторичного имунного ответа становится главным фактором отбора, для невакцинированного шансы заразиться (и, в меньшей степени, средне-ожидаемая тяжесть болезни) уменьшаются. Варианты с лучшей репликацией и распостранением (включая исходный) начинают проигрывать мутантам, пробивающим иммунитет.

[vishniakov]

Ну вот за что купил, за то и продаю - отсюда https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%BE%D0%BB%D0%B5%D0%B7%D0%BD%D1%8C_%D0%9C%D0%B0%D1%80%D0%B5%D0%BA%D0%B0... )

[shvarz]

Насколько я понял, вся история с болезнью Марека и вакциной от нее основана на одной единственной статье, в которой это высказывалось как гипотеза, и гипотеза эта так никогда и не была подтверждена. Тем не менее в общем воображении (особенно среди антивакцинаторов) она прочно закрепилась.

[vishniakov]

А, прикольно :-)

[febb]

ИМХО у меня главный вопрос - может ли эта эпидемия кончится и когда?

[shvarz]

Что значит "кончиться"? Вирус исчезнет? Очень маловероятно, скорее всего нет.

[febb]

Ну "испанка" вроде кончилась?

[shvarz]

Предлагаю пари :)

[is4umielofon]

вероятность того, что эта конкретная мутация в каком-либо из следующих поколений мутирует обратно в «дикий тип» это уже упоминавшаяся вероятность 1 на миллион.
///
1 на миллион - это случайная мутация. А вот чтобы именно эта, и не просто, а именно обратно в дикий тип, то это 1/1кк*1/1кк*1/4... 1 на четыре триллиона вроде как...

[shvarz]

Вероятность мутирования одного конкретного нуклеотида при копировании - 1 на миллион. То, что основания четыре можно учесть, но это всё такие приблизительные цифры, что такие мелкие поправки не принципиальны.

[is4umielofon]

Ок, одним порядком можно пренебречь.
Но, получить случайного мутанта из дикого типа можно 30 тысячами способов, в то время как получить обратно дикий тип из случайного мутанта можно только 1 способом.

[shvarz]

Вероятность мутации приведенная выше она не на геном (как вы считаете), а на копируемый нуклеотид. Т.е. каждый раз когда копируется очередной нуклеотид, то с вероятностью однамиллионная он будет скопирован неправильно. И это для каждого копируемого нуклеотида. Соответственно мутировавший нуклеотид при последующем копировании мутирует с вероятностью однамиллионная.