Ковид тест по Т-клеточным рецепторам
.
Ура, свершилось! Наша компания Adaptive Biotechnologies получила официальное разрешение на тестирование пациентов с помощью нового теста на Т-клеточный иммунитет:
https://www.t-detect.com/
Из этого следует, что любой человек, если не жалко $150 из своего кармана (или из кармана своего работодателя), может получить результат, из которого с точностью около 98,5% будет ясно, болел ли человек Ковидом, и есть ли у него иммунитет на Ковид. Тест не слишком точен для мелких детей, у них хуже развит Т клеточный иммунитет. Зато у взрослых тест проверен на сериях образцов одних и тех же пациентов (из Италии и США), собираемых периодически в течение 6 месяцев. Я уже писала об этом тесте вот тут https://mary-spiri.livejournal.com/124921.html, там есть ссылка на статью с результатами.
Переношу кусок своего поста сюда:
Известно, что Т-клеточный ответ является первым по времени компонентом приобретенного иммуннного ответа на вирусы, и его удается измерить раньше, чем появляется достаточное количество антител. Кроме того, Т клетки сохраняются в иммунной памяти на долгие годы, что было показано для САРС-1 и МЕРС, и мерить их получается даже тогда, когда антитела уже найти не удается. Исследование Ковид-специфических рецепторов Т-клеток делали отдельно для двух географий, Италии и Нью Йорка. Как и ожидалось, нашлась масса пересечений, и из них получили диагностический набор возможных специфических Т рецепторов. Диагностический набор рецепторов оказался вполне хорош. Была взята независимая группа пациентов, которую не использовали для разработки набора, и у них посмотрели динамику появления и развития диагностических рецепторов. Работы подобного рода делаются вслепую: те, кто выделяют ДНК, гоняют ПЦР, секвенируют и, главное, анализируют данные, не знают, каков статус пациента, было ли заражение, какова стадия и т.п. Образцы анонимизируют еще до присылки в лабораторию, а медицинские данные помещают к так называемому "честному брокеру", который не имеет отношения к лабораторной работе. Честный брокер имеет право открыть медицинские истории только после того, как ему предоставлят все экспериментальные данные плюс результаты первичного анализа, и он убедится, что они полны и не требуют дополнительной работы. И только тогда начинается анализ динамики и корреляции данных секвенирования с медицинской историей.
И вот результаты по чувствительности: в первые два дня инфекции (0-2), когда даже ПЦР по вирусу еще не сильно справляется, использование диагностических Т рецепторов дает 77.4%, в 3-7 дней, когда антител еще нет или мало, - 89.6%, а к 8-14 дням - 100%. По новым данным, еще не опубликованным, но представленным в ФДА, через месяц после выздоровления чувствительность достигает >98%, и сохраняется на этом уровне в течение по крайней мере 6-ти месяцев. Конечно, анализ дорогой и занимает время, требуется примерно неделя (чистого времени в лабе 2 дня). Но он лучше, чем анализ на антитела, так как позволяет ловить асимптоматические случаи, Т-клеточный ответ возникает не только раньше антител, но еще и в случаях, когда антитела совсем не развиваются, при легких случаях. И стабильно остается для последующего анализа, если надо выяснить, а встречался ли больной когда-либо с данным вирусом. Так что если инфекция была, то анализ достаточно сделать один раз, и готово. Учитывая, что диагностический набор рецепторов большой, очень трудно себе вообразить ложно-положительные результаты, откуда им взяться? Ложно-отрицательные возможны на данном этапе, но их вероятность стремительно уменьшается при увеличении набора диагностических рецепторов. Работа в этом направлении ведется сейчас очень активно.
Сразу скажу - я в разработке этого набора не участвовала. Моя работа - это обеспечить, чтобы наши протоколы лабораторной работы по анализу рецепторов работали должным образом, условия оптимизировать, чтобы лабораторная рутина не мешала идти к сияющим высотам, ну и здесь подправить, а там придумать обходной маневр. Но я ужасно рада, что наши так быстро смогли все сделать, всего за полгода. Go Adaptive!
Originally Posted by
New entry titled "Наш Приобретенный Иммунитет получил разрешение на Ковид тест по Т-клеточным рецепторам" by
mary_spiri.
.
.
Ура, свершилось! Наша компания Adaptive Biotechnologies получила официальное разрешение на тестирование пациентов с помощью нового теста на Т-клеточный иммунитет:
https://www.t-detect.com/
Из этого следует, что любой человек, если не жалко $150 из своего кармана (или из кармана своего работодателя), может получить результат, из которого с точностью около 98,5% будет ясно, болел ли человек Ковидом, и есть ли у него иммунитет на Ковид. Тест не слишком точен для мелких детей, у них хуже развит Т клеточный иммунитет. Зато у взрослых тест проверен на сериях образцов одних и тех же пациентов (из Италии и США), собираемых периодически в течение 6 месяцев. Я уже писала об этом тесте вот тут https://mary-spiri.livejournal.com/124921.html, там есть ссылка на статью с результатами.
Переношу кусок своего поста сюда:
Известно, что Т-клеточный ответ является первым по времени компонентом приобретенного иммуннного ответа на вирусы, и его удается измерить раньше, чем появляется достаточное количество антител. Кроме того, Т клетки сохраняются в иммунной памяти на долгие годы, что было показано для САРС-1 и МЕРС, и мерить их получается даже тогда, когда антитела уже найти не удается. Исследование Ковид-специфических рецепторов Т-клеток делали отдельно для двух географий, Италии и Нью Йорка. Как и ожидалось, нашлась масса пересечений, и из них получили диагностический набор возможных специфических Т рецепторов. Диагностический набор рецепторов оказался вполне хорош. Была взята независимая группа пациентов, которую не использовали для разработки набора, и у них посмотрели динамику появления и развития диагностических рецепторов. Работы подобного рода делаются вслепую: те, кто выделяют ДНК, гоняют ПЦР, секвенируют и, главное, анализируют данные, не знают, каков статус пациента, было ли заражение, какова стадия и т.п. Образцы анонимизируют еще до присылки в лабораторию, а медицинские данные помещают к так называемому "честному брокеру", который не имеет отношения к лабораторной работе. Честный брокер имеет право открыть медицинские истории только после того, как ему предоставлят все экспериментальные данные плюс результаты первичного анализа, и он убедится, что они полны и не требуют дополнительной работы. И только тогда начинается анализ динамики и корреляции данных секвенирования с медицинской историей.
И вот результаты по чувствительности: в первые два дня инфекции (0-2), когда даже ПЦР по вирусу еще не сильно справляется, использование диагностических Т рецепторов дает 77.4%, в 3-7 дней, когда антител еще нет или мало, - 89.6%, а к 8-14 дням - 100%. По новым данным, еще не опубликованным, но представленным в ФДА, через месяц после выздоровления чувствительность достигает >98%, и сохраняется на этом уровне в течение по крайней мере 6-ти месяцев. Конечно, анализ дорогой и занимает время, требуется примерно неделя (чистого времени в лабе 2 дня). Но он лучше, чем анализ на антитела, так как позволяет ловить асимптоматические случаи, Т-клеточный ответ возникает не только раньше антител, но еще и в случаях, когда антитела совсем не развиваются, при легких случаях. И стабильно остается для последующего анализа, если надо выяснить, а встречался ли больной когда-либо с данным вирусом. Так что если инфекция была, то анализ достаточно сделать один раз, и готово. Учитывая, что диагностический набор рецепторов большой, очень трудно себе вообразить ложно-положительные результаты, откуда им взяться? Ложно-отрицательные возможны на данном этапе, но их вероятность стремительно уменьшается при увеличении набора диагностических рецепторов. Работа в этом направлении ведется сейчас очень активно.
Сразу скажу - я в разработке этого набора не участвовала. Моя работа - это обеспечить, чтобы наши протоколы лабораторной работы по анализу рецепторов работали должным образом, условия оптимизировать, чтобы лабораторная рутина не мешала идти к сияющим высотам, ну и здесь подправить, а там придумать обходной маневр. Но я ужасно рада, что наши так быстро смогли все сделать, всего за полгода. Go Adaptive!
Originally Posted by
New entry titled "Наш Приобретенный Иммунитет получил разрешение на Ковид тест по Т-клеточным рецепторам" by
mary_spiri.
.
.