"Я его слепила из того, что было"

[cryptopolicy]

Сейчас в сети появилось много постов на тему того, что SARS-CoV-2 не был выделен. У вирусологов ОТ-ПЦР на праймерах от старых версий коронавируса с последующим секвенированием ампликона считается выделением. При подобном подходе должна быть нулевая итерация, то есть когда-то на заре корона-вирусологии вирусологи должны были очистить коронавирусные

Comments

[cryptopolicy]

Вопрос с массой якобы геномной РНК коронавирусов очень важный.

1. На самом деле сначала были получены весьма интересные данные о геноме.

[jescid]

А как же, как же тогда «the smallest RNA virus identified to date is the human hepatitis D virus (HDV) which is about 1.7 kb in size»??
Т.е. потом то разрешили почти что малепусеньким РНК быть вирусными!
Чего там в 1700нуклеотидов влезть то может… ой…

Значит, в 80х очень хотелось, чтобы вирусные РНК были серьёзными объектами со значительным потенциалом на кодирование всякой жути и уж во всяком случае той повозки, на которой в клетку внедряться… А потом программа поменялась.

[cryptopolicy]

Я просто поделился своими сомнениями, связанными со сменой метода экстракции
Интересно еще и то, что при клонировании РНК они экстрагировали первым методом.
То есть массу геномной РНК показали одним способом, а в клоны пошли относительно короткие РНК, полученные другим способом.

[jescid]

Засада для оппонирования тут в том, что если взять кусочек последовательности, опубликованной в этой статье, и проверить его NCBI бластом, то вылазит только этот птичий коронавирус, причём в разных статьях - проверила по ACCACAACGTGAGAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAAGTTAAACCAGCACATGTGAGAACCTAAATTTTTGGAGTATAAAACATGTGTGGGTGATTTGACTТогда возникает вопрос - как секвенировали остальных, т.е. де-ново, разумеется, и что именно использовали в кач-ве праймеров, какие именно последовательности чего и почему брали их

[cryptopolicy]

то вылазит только этот птичий коронавирус

Нельзя сказать, что если оно в бласте отнесено только к коронавирусам, то это коронавирус.
Будучи однажды объявлено коронавирусом оно и все гомологичное потом будет считаться только коронавирусом, а гомологии в базах в тех случаях, когда короны явно быть не должно, будут считаться результатом загрязнения и скорее всего вычищаться.
Так однажды уже было с ВИЧ. Биоинформатик Ромеро нашел в базах много гомологий к ВИЧ (там и 5Кб было), опубликовал статью, мол базы загрязнены. Самые длинные я потом не смог в базах найти.

Для способа секвенирования, описанного в статье, нужен полноценный контроль, коим бласт не является.
Все то же, но без вируса: в яйца добавить супернатант культуры без вируса, антибиотики и т.п. И пройти весь путь со всеми остановками.

как секвенировали остальных, т.е. де-ново, разумеется, и что именно использовали в кач-ве праймеров, какие именнопоследовательности чего и почему брали их.Насколько я понимаю, праймеры конструируются исходя из представленного в данной

[jescid]

Бласт - не контроль, конечно. Это просто программа, которая ищет по последовательностям, которые отправили в NCBI, а сейчас это одно из условий публикации. Сами последовательности собирают софтом с иллюмины или тем же бластом (насколько в курсе он же в иллюмине или какой-то его форк) с raw выхода иллюмины или какого ещё секвенатора-амплификатора, секвенирование от нанопоры™ появилось относительно недавно.
Но это не суть.
Суть в праймерах, которые инициируют амплификацию (чего?) - т.е. самые первые тогда, самых первых версий - на основе чего их синтезировали - должна быть статья в конце концов, «исходя из представленного в данной статье генома» - этого мало. Это же совершенно конкретные последовательности, синтезированные из каких-то конкретных данных о, в частности, данном вирусе.
Если это другие последовательности, то и умножат они другое.

А бласт по NCBI.blast даёт только количество статей, где были заявлены те же последовательности.

[cryptopolicy]

Суть в праймерах, которые инициируют амплификацию (чего?)Понятия не имею, чего они амплифицируют