Повышенная чувствительность к COVID-19. «Подарочек» от неандертальцев?
Один из моих недавних постов был посвящен исследованию генетических факторов, влияющих на чувствительность к COVID-19 ( https://prof-afv.livejournal.com/24452.html). У этой истории есть продолжение. Более объёмное исследование не подтвердило роль групп крови системы АВО. А вот ассоциации повышенной чувствительности к «тяжелому COVID-19” c участком 3-й хромосомы (координаты 45,859,651-45,909,024) подтверждена. Наконец, появились основания полагать, что «гены чувствительности к COVID-19» в хромосоме 3 достались нам в «наследство» от неандертальцев.
Теперь более подробно. Универсальные доноры - групп I(О) - наверно разочарованы - их невосприимчивость к COVID-19 «улетучилась». Зато те, у кого группа крови II(А) могут быть довольны - «улетучилась» и их повышенная чувствительность к COVID-19. Правда, и то и другое было слабо выраженным, но всё же...
Новое исследование, как и предыдущее, выполнено по схеме GWAS (genome wide association study, полногеномное исследование ассоциаций). Об этом типе исследований подробнее я писал здесь: https://prof-afv.livejournal.com/24452.html. Один из основных недостатков GWAS это плохая воспроизводимость результатов. Ниже приведены результаты первого и второго GWAS.
По оси Х номера хромосом, по оси Y значения p для разницы в частоте аллелей у больных и здоровых; пунктир - порог статистической значимости.
На первом графике ассоциация генов групп крови АВО находится практически на границе статистической значимости (хотя численно это попадало в область статистической значимости). На втором графике эта ассоциации выше фоновой (серая точка в области хромосомы 9), но существенно ниже, чем порог статистической значимости. А вот с ассоциацией маркеров в хромосоме 3 всё в порядке - на обоих графиках эта точка существенно выше порога статистической значимости
Но почему мы должны доверять результатам второго исследования больше, чем первого? Дело в том, что второе исследование было проведено на значительно большей выборке: 3199 «случаев» и 897488 «популяционных контролей». Для сравнения, размеры выборок в первом исследовании были: 1610 «случаев» и 2205 «контролей». Разница внушительная. Хотя есть нюанс - в первом исследовании среди контролей не было больных тяжелым COVID-19. В популяционном контроле же могли быть образцы от людей, которые впоследствии заболели тяжелым COVID-19. Но при таком огромном размере выборки (n = 897488) их потенциальное влияние на результат было пренебрежимо мало. Впрочем, 100% полагаться на результаты любого единичного GWAS нельзя, особенно при неясности механизмов наблюдаемой ассоциации. А то, каков механизм повышения чувствительности к COVID-19 из-за подозреваемых генетических вариантов в хромосомы 3, по прежнему не просматривается.
Теперь об интригующей находке. В BioRhiv помещена рукопись статьи из которой следует, что гены «чувствительности к COVID” происходят от неандертальцев, причем определенного «племени» неандертальцев, проживавшего в пещере Vindija, расположенной в современной Хорватии (оригинал препринта здесь: https://doi.org/10.1101/2020.07.03.186296). Одним из авторов статьи (всего их два) является, пожалуй, самый авторитетный специалист по молекулярной антропологии Svante Pääbo. Его аргументы в пользу этой гипотезы выглядят убедительными. Впрочем, я не специалист в этой области и самый убедительный аргумент для меня это то, что анализ данных проводил Svante Pääbo.
С прагматической точки зрения не важно от кого нам достались гены чувствительности к COVID-19. Но ведь есть ещё и любопытство... в идеале важнейший драйвер науки. Ну а касательно прагматической стороны вопроса стоит отметить две вещи:
1) повышение чувствительности к СOVID-19 ( по сравнению с отсутствием «генотипа чувствительности») незначительно: отношение шансов (odds ratio) равно 1,7 (95% доверительный интервал 1,27 - 2,26)
2) частота «генотипа чувствительности» различна в разных этнических группах - в южной Азии около 30%, в Европе 8%, в восточной Азии «ниже чем в Европе», а в Африке, южнее Сахары - 0%. Самая высокая частота этого генотипа, по имеющимся на сегодня данным, в Бангладеш (64% гетерозигот и 13% гомозигот).